หนังสือ ความเป็นมาของทฤษฎี แบ่งแยกดินแดนในภาคใต้ไทย เป็นงานวิจัยปัญหาความรุนแรงในสามจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยมุ่งทำความเข้าใจในเหตุการณ์เหล่านั้นจากประวัติศาสตร์ การให้ความสำคัญที่ประวัติศาสตร์ไม่ได้เกิดมาเพราะผู้เขียนทำงานด้านประวัติศาสตร์มากกว่าด้านอื่น หากจริงๆ แล้วมาจากการพบว่า ข้อมูลและการอธิบายของผู้คนทั้งในหน่วยงานราชการและเอกชน ทั้งสถาบันและปัจเจกชน ในปัญหาจังหวัดมลายูมุสลิมภาคใต้นั้น ขัดแย้งและไม่ตรงต่อหลักฐานชั้นต้นเป็นอันมาก ที่สำคัญคือการมีอคติในประวัติศาสตร์เรื่องปัญหาสามจังหวัดชายแดนภาคใต้นั้นมีอยู่มาก จากประสบการณ์เหล่านี้เอง ทำให้ผู้เขียนต้องการค้นคว้าว่าเราจะสามารถหาและสร้างประวัติศาสตร์ที่เป็นจริงขึ้นมาได้หรือไม่ ประเด็นสำคัญในหนังสือเล่มนี้คือการศึกษาถึงกำเนิดและความเป็นมาของการสร้างมายาคติว่าด้วย “ลัทธิแบ่งแยกดินแดน” ในวาทกรรมการเมืองสมัยใหม่ของรัฐไทย เหตุการณ์ประวัติศาสตร์ที่ผูกพันและรองรับมโนทัศน์การแบ่งแยกดินแดนมากจากและทำให้เกิดมายาคติในเรื่อง “กบฏหะยีสุหรง” และ “กบฏดุซงญอ” ด้วย ในเวลาเดียวกันพัฒนาการและความเป็นมาของรัฐไทยสยามที่เปลี่ยนผ่านจากระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์มาสู่ระบอบประชาธิปไตย และการสร้างรัฐไทยในช่วงสงครามโลกครั้งที่สองและสงครามมหาเอเชียบูรพา ก็มีส่วนในการผลักดันและสร้างแนวความคิดทางการเมืองของ “การแบ่งแยกดินแดน” ให้เกิดขึ้นในการเคลื่อนไหวทางการเมืองของกลุ่มพลังการเมืองใหม่ในภูมิภาคต่างๆ จากใต้จรดเหนือและอีสานกระบวนการเปลี่ยนผ่านทางการเมืองและการสร้างรัฐไทยใหม่สมัยชาตินิยมนี้ นำไปสู่การใช้กำลังและความรุนแรงปราบปราม และสยบการเรียกร้องและสร้างอัตลักษณ์ทางวัฒนธรรมและการเมืองของภูมิภาคทั้งหลายลงไป โดยกรณีของมลายูในภาคใต้ มีลักษณะเฉพาะ ต่างจากภาคอื่นและมีผลสะเทือนที่ยังส่งผลต่อมาอีกนาน